由於決策過程黑箱作業，郭董是否真正捐百億蓋台大癌症醫院，存疑。
郭董捐百億蓋癌症醫院 陷窘境
2007年9月，台大和郭台銘歡天喜地簽訂150億元的癌症醫院合作備忘錄，當時計畫採購最先進的質子機幫台灣的病患治療癌症。如今七年過去了，癌症醫院不僅連建築物都還看不到，台大內部已經出現龐大的質疑聲浪，包括前台大校長陳維昭、前衛生署長林芳郁、前臺大醫院院長李源德以及前台大醫學院院長陳定信等醫界大老，對癌症醫院人才不足、可能招不到病患、質子機優勢不明顯、未來恐怕形成財務黑洞以及決策過程黑箱作業等五大問題，都搖頭表示非常憂心。
台大商研所教授江炯聰訪談台大前後任校長、醫院以及醫學院院長以後，更評估指出，由於台大癌症醫院僅有249個病床，屬於地區醫院層級，健保給付額低，正式 營運後，每年將虧損1-20億元！更何況，和信治癌中心醫院從1990年成立迄今仍處於虧損狀態，未來台大成立第二(癌症)醫院後，還將與第一醫院競爭， 長期很難經營下去。
麻煩的是，郭董以質子機當成台大癌症醫院治療訴求的構想，是早在2007年就已經提出，當時主要考量是質子機照 射時能夠精準的殺死癌細胞，同時避免對人體其他正常的細胞造成傷害。不過，這幾年隨著科技的進步，光子機(弧形刀、螺旋刀等)的隨著科技進步，對人體造成 傷害的程度與質子機已經相去不遠。
和信治癌中心醫院放射腫瘤科主任鄭鴻鈞醫師就說，光子刀的進步就是電腦的進步，因為電腦計算癌症的位置越來越精準，因此，現在光子刀的副作用和質子機，幾乎沒有差別。
然而，質子機要價高達一億美元，光子機卻只有1億台幣，質子機性價比越來越不明顯，何況台大癌症醫院要等到2018年以後才能正式營運，治療費用動輒三十萬元起跳，遠高於光子刀，屆時對病患的吸引力勢必更會大打折扣。
也就是說，這個全球代工業的龍頭和台灣最高學府的合作案，在斥資百億元落成後，可能會淪為外觀華麗的蚊子館。醫界人士觀察，就像台大兒童醫院紛紛擾擾蓋了十五年一樣，台大癌症醫院拖到最後，結局恐怕距離郭董當初的理想非常遙遠。畢竟，癌症是整合照顧，經常要靠內科、外科以及其他專科協助，很難獨自設立，而且 質子治療非常昂貴又沒有健保給付，能夠負擔的民眾本來就非常稀少，台大癌症醫院恐怕很快就會面臨難以經營的困境。
台大前校長陳維昭就曾評論指出：「現在最大的錯誤就是說，我覺得同仁有一個不好的心態，反正有永齡基金會的支持，虧了有他們來補，有這樣的觀念就錯了，醫院的永續經營就可能碰到問題。」(撰文：陳仲興)
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